Appunti completi del corso Parte 1

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Bioinformatica e Genomica Funzionale – Prof.ssa Linda Pattini Sommario Bioinformatica e Genomica Funzionale – Prof.ssa Linda Pattini ................................ ................................ .. 1 2 – Analisi di sequenze: algoritmi di allineamento ottimo ................................ ................................ ......... 3 2.1 – Similarità e omologia ................................ ................................ ................................ ............... 3 2.2 – Dot plot ................................ ................................ ................................ ................................ ... 3 2.3 – Come valutare gli allineamenti ................................ ................................ ................................ . 3 2.4 – Modelli di allineamento: globale VS locale ................................ ................................ ............... 3 2.5 – Allineamento globale ................................ ................................ ................................ ............... 4 2.6 – Allineamento locale ................................ ................................ ................................ ................. 6 2.7 – BLOcks SUbstitution Matrices (BLOSUM) ................................ ................................ .................. 6 3 – BLAST ................................ ................................ ................................ ................................ ................. 8 3.1 – Come funziona l’algoritmo ................................ ................................ ................................ ....... 9 3.2 – Output ................................ ................................ ................................ ................................ ..... 9 3.3 –…