Riassunto del corso ITA

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RIASSUNTO DEL CORSO DI ”BIOMOLECULES: STRUCTURE AND FUNCTIONS” – 2018/2019 DISTANZE DI LEGAME - Legame covalente = 0.0965 nm - Legame idrogeno = 0.177 nm - Proprietà colligativa: dipende solo dalla concentrazione del soluto STUDI DI PROTEINE PER STRUTTURA SECONDARIA - X-ray crystallography - NMR spectroscopy FINO ALLA STRUTTURA QUATERNARIA - Estrazione . solubilizzazione … proteine di membrana solubili → detergenti, solventi organici … proteine nella cellula → filtrazione, centrifugazione di parti insolubili . quantificazione … RIA RadioImmunological Assay … ELISA Enzyme-Linked ImmunoSorbent Assay - Purificazione - Sequenziamento . step preliminari … N terminus analysis … disulfide bonds break . frammentazione … chemical fragmentation … enzymatic fragmentation . identificazione … Edman degradation … spettrometria di massa - Struttura 3D PURIFICAZIONE A SECONDA DEL TIPO DI PROTEINA - Tutte neutre, massa simile → reverse phase chromatography - Stessa polarità, massa diver sa → gel filtration chormatography oppure SDS -PAGE se hanno una massa compresa tra 1-500 kDa - Cariche differenti → ion exchange chromatography - Proteine con amminoacidi aromatici → chymotrypsin, che taglia dove ci sono gruppi aromatici e poi si può usare un tipo di cromatografia adatto alla proteina, ad esempio ion exchange chromatography - Trovare il gruppo N terminale → Edman degradation INDICE DEI TIPI DI PURIFICAZIONE - Salting in / out → per solubilità - Ultra-centrifugazione → per peso molecolare - Cromatografia . a scambio ionico → per amminoacidi carichi … cationica: proteine cationiche, fase stazionaria anionica negativa … anionica: proteine anioniche, fase stazionaria cationica positiva . gel filtration → per peso molecolare . interazione idrofobica (HIC) → per catene idrofobiche . a fase…