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1 RIASSUNTO PROTEOMICA – ANNO 2019/2020 COME USARE QUESTO RIASSUNTO: comprende tutt e le informazioni fo ndamentali per passare l ’esame, quindi si potrebbe studiare a nche solo que sto. E ’ comunque meglio prima dare una lettura attenta a gli appunti completi dato che alcuni concetti non sono immediati e qui non sono approfonditi nel dettaglio. LEZIONE 1 - Cos’è la proteomica: proteina + genoma - Proteomica:  Di espressione  Funzionale  Strutturale - Struttura primaria  Simile (% di omologia)  Diversa - Struttura secondaria  Alfa elica  Beta sheet  Beta turn - Struttura terziaria  Conformazioni aberranti → proteina prionica - Struttura quaternaria - Estrazione delle proteine  Estrazione da cellula  Capture  Purificazione intermedia  Frazionamento  Final polishing - Equilibrio tra  Tempo  Temperatura  Tipo di strumentazione  CostiRecovery: quanto ne ottengo  Purezza - Evitare  Contaminazione → batteri, virus  Proteolisi  Denaturazione cellulare → a volte voluta per esporre tutti i gruppi laterali  Lipidi → solubilizzo le proteine, tolgo la parte lipidica solubilizzata - Buffer  Stabilità chimica: si mantiene solubilizzata  Fattori da considerare: ▪ pH ▪ sali ▪ temperatura ▪ inibitori delle proteasi / proteolitici → PMSF, prima si usavano bagni di ghiaccio 2 ▪ detergenti o reagenti caotropici → SDS (anionico e anfifilico) , urea: aumentano la solubilizzazione delle proteine, essenziali per proteine di membrana che non sono polari. Sono anfipatici, con un gruppo idrofilico e un gruppo idrofobico. Urea è caotropico: evita aggregati proteici, sfavorisce interazione tra proteine uguali. ▪ agenti alchilanti o riducenti → DTT, betamercaptoetanolo → riduzione ponti disolfuro per i riducenti, mentre gli alchilanti reagiscono con i tioli ridotti ed…