Types of cromatography 2

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LEZIONE 4 – PROTEOMICS _ 19 marzo QUIZ In base al peso molecolare. La condizione limitante per tutti i tipi di cromatografia è proprio la concentrazione del campione, l’importante è rispettare il valore limite di concentrazione, mentre il volume non inficia il risultato della cromatografia. Lo stacco delle proteine dalla fase stazionaria avviene perché vengono ridotte l interazioni idrofobiche. Da un punto di vist concettuale dobbiamo impedire fisicamente che gli amminoacidi idrofobici della proteina entrino in contatto con la fase stazionari a idrofobica della colonna. Il sale può aiutarci in due modi: nel favorire l’interazione ma anche nel ridurla, quindi in fase di eluizione. Una volta che la proteina interagisce con la fase stazionaria, facciamo in modo che le molecole d’acuqa, una volta che andiamo ad idratare lo ione, iniziamo a interagire con la proteina. Questo crea una destabilizzazione della proteina, che prima aveva esposto gli amminoacidi idrofobici. Se c’è maggiore interazione con l’acqua, loro entrano in un ambiente non compatibile, quindi riportano le parti apolari nel core. Il sale quindi in questo tipo di cromatografia ha una duplice funzione: può favorire l’interazione con la fase stazionaria ma anche favorire l’eluizione se riduciamo la sua concentrazione. NON CAMBIAMO IL TIPO DI SALE, perché una volta scelto il sale che risulta essere più idoneo al campione, poi la sua funzione non è data dal tipo ma dalla concentrazione. Nel loading uso l’eluente a prevalenza acquosa. La conseguenza di usare questo reagente, acido debole, di solito acido formico, fa sì che si formino ioni per la sua dissociazione, che vanno a neutralizzare gli eventuali amminoacidi carichi presenti sulla superficie delle proteine. Indipendentemente dal tipo di cromatografia la…