Quantitative analysis

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LEZIONE 9 – PROTEOMICS _ 8 aprile DOMANDA 1 La DIGE ci permette di fare proteomica differenziale ma non quantitativa. Usiamo reagenti utili per riconoscere ed interagire con le proteine, che emettono una fluorescenza, così da permetterci di acquisire il segnale. In base all’intensità espressa dai di versi campioni il software è in grado di estrapolare l’intensità e confrontarla tra i diversi campioni. DOMANDA 2 Il dato di massa finale è il nome della proteina. 1) L’elettroforesi iniziale serve per semplificare il campione: non possiamo iniettare in m assa il campione complesso, nemmeno se lo trattiamo con gli opportuni enzimi, altrimenti otterremmo miliardi di peptidi. Anche uno spettrometro di massa ad alta risoluzione non riuscirebbe a risolvere la miscela. Si possono applicare anche altre tecniche s eparative, ad esempio alcuni tipi di cromatografia, come quelle a maggiore efficienza, ad esempio Reverse Phase o Cromatografia per affinità. L’elettroforesi è uno degli step maggiormente utilizzati ma non l’unico, però comunque uno step di purificazione iniziale deve esserci. 2) Si ritagliano le bande o gli spots (nel caso 3D), creando la soluzione di peptidi. Devono essere iniettati dei peptidi, quindi per trasformarla in peptidi si usano specifici enzimi, tra i quali la tripisina è la più usata. 3) Iniezione nello spettrometro di massa: è in grado di ionizzare i peptidi e separarli nell’analizzatore in base al loro rapporto massa su carica 4) Registrazione degli spettri. 5) Alla fine questi spettri verranno elaborati mediante un confronto con spettri tabulati presenti nelle banche dati. DOMANDA 3 È falsa perché ha anche un’altra funzione: in sorgente troviamo il flusso di un gas, azoto, che permette di far evaporare tutti gli altri reagenti. Alla fine della sorgente…