Codici Matlab soluzioni laboratori

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%% LAB 2 - esercizio 1 load alignment.mat A2=A; for j=1:60 A2=[A2; seqrcomplement(A2(j,:))]; %aggiunge la sequenze complementari end %inizializzo la weight matrix wm=zeros(4,21); %21=posizioni, 4=basi %per ognuna delle colonne leggo quante volte occore una base, %e così riempio la wm con le occorrenze for i=1:21 wm(1,i)= length(strfind(A2(:,i)','a')); wm(2,i)= length(strfind(A2(:,i)','c')); wm(3,i)= length(strfind(A2(:,i)','g')); wm(4,i)= length(strfind(A2(:,i)','t')); end %adesso voglio trovare le frequenze: wm=wm/120; %sostituisco 0 con 1 nella matrice per non avere problemi col log wm(wm==0)=1; %% calcolo entropia di shannon H=-wm.*log2(wm); %sommo i valori delle 4 basi H=sum(H); %calcolo il contenuto informativo I %non considero l'errore I=2-H sol=find(I>0.8); %mi da le posizioni in cui I è maggiore di 0.8 stem(I); title('stem graphic'); seqlogo(wm); %% LAB 2 - esercizio 2 %per l'esecuzione di questo esercizio bisogna tenere valide tutte le %variabili dell'esercizio 1, è come fosse un unico script promoter=fastaread('K02672.fna'); %promoter è adesso la sequenza tutta intera %voglio 500 basi totali, 400 all'inizio e 100 alla fine rispetto alla base %3395 nel file l=length(promoter.Sequence); %% sovrascrivo promoter=promoter.Sequence(3395-400:3395+99); %creo il vettore segnale e lo inizializzo S=zeros(1,500-21+1); %ha queste dimensioni perchè non possiamo calcolare il segnale fino %all'ultima base, perchè sto procedendo a finestre di 21 caratteri. %% for j=1:500-21+1 %sposto la finestra for p=1:21 %scorro i caratteri della finestra switch promoter(j+p-1) case 'A' %è come scrivere if promoter(j+p-1)=='A' S(j)=S(j)+I(p)*wm(1,p); case 'C' S(j)=S(j)+I(p)*wm(2,p); case 'G' S(j)=S(j)+I(p)*wm(3,p); case 'T' S(j)=S(j)+I(p)*wm(4,p); end end end %richiesta esercizio: posizioni…