Risposte domande tratte da tde Parte Bioinformatica

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RISPOSTE ALLE DOMANDE DEI TEMI D’ESAME DI BIOINFORMATICA TEMA D’ESAME 29 GENNAIO 2019 PAM (e BLOSUM) – Es. 2 tema d’esame 29 gennaio 2019 La BLOSUM e la PAM sono due tipi diversi di matrici di sostituzione, che indicano quanto è probabile che un amminoacido sia sostituito da un altro. Ci servono perché invece che avere solo 4 basi per il DNA, ora per le proteine abbiamo 20 amminoacidi divers i! E poi non è abbastanza avere 1 per match e 0 per mismatch, perché ci sono sostituzioni più probabili di altre (ad esempio se gli AAs hanno la stessa carica, allora sarà più probabile). BLOSUM Blocks Substitution Matrix Per costruire la BLOSUM si parte da blocchi di proteine che hanno non più del r% di somiglianza e che possono appartenere o meno alla stessa famiglia, non hanno gap nella sequenza. Si calcola poi il log-odds ratio: cioè, qual è la probabilità che un amminoacido sia sostituito da un altro data la r% di somiglianza? a: esposto al patogeno e malato – ci si aspettava di avere lo stesso AA e si è ottenuto b: esposto al patogeno ma sano – ci si aspettava di avere lo stesso AA ma è stato sostituito c: non esposto al patogeno ma malato – non ci si aspettava lo stesso AA ma invece è lo stesso d: non esposto al patogeno e sano – non ci si aspettava lo stesso AA e infatti è stato sostituito LOG-ODD RATIO = (a/c)/(b/d) = (a*d)/(b*c) Ottengo una matrice triangolare inferiore, i punteggi più alti indicano che c’è più probabilità che sia sostituita. Questi numeri sono nor malizzati rispetto al numero di AA che ci sono naturalmente in quel blocco. Ovviamente i numeri sulla diagonale saranno i più alti perché corrispondono all’abbinamento di due lettere uguali. BLOSUM 62 è quella più usata, vuol dire che prendo due blocchi che non hanno più del 62% in comune. PAM Point Accepted…